Réussir porc 16 mars 2017 à 08h00 | Par La rédaction

La sélection génomique du porc devient réalité

Les schémas génétiques réunis au sein de Bioporc, en collaboration avec l’Ifip, ont commencé à intégrer la génomique dans la sélection de la population Landrace.

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La génomique permet de gagner en puissance sur des critères peu héritables.
La génomique permet de gagner en puissance sur des critères peu héritables. - © MG/Fotolia

Au cours de la réunion technique organisée par Bioporc en décembre dernier, Alban Bouquet, généticien à l’ifip, a présenté le travail initié il y a six mois pour intégrer la génomique dans la sélection de la population Landrace.

Un rappel avant toute chose pour comprendre ce qu’est la génomique et en quoi elle vient compléter la sélection phénotypique, c’est-à-dire celle qui s’appuie sur les caractères mesurés des individus. La sélection génomique, elle, est basée sur la connaissance des séquences d’ADN des animaux « candidats ». Alban Bouquet compare cette lecture à celle d’un code-barres spécifique à chaque chromosome. Connaître le code-barres d’un animal à sélectionner avant même qu’il n’ait pu exprimer son potentiel (prolificité, croissance…) permet évidemment de gagner du temps, voire de l’argent en sélection. Mais la génomique permet aussi de gagner en puissance de sélection sur des critères peu héritables, (typiquement les performances de reproduction) et aussi, repérer au sein d’une même portée, jusqu’à présent considérée comme portant le même patrimoine génétique, les animaux les plus performants. Car l’erreur est bien de considérer qu’un animal posséderait un potentiel génétique équivalent à 50 % de celui de son père et 50 % de celui de sa mère. Ainsi, le généticien rapporte que, pour une même valeur de verrat de 122 sur les qualités maternelles, le croisement avec une femelle notée 118 donnera des descendants de valeur moyenne 120, mais avec des écarts importants entre les porcelets de la portée (voir schéma) « La connaissance du génome de chaque animal dès sa naissance permet de repérer les meilleurs individus au sein d’une même portée. Donc d’accélérer le progrès génétique."

En pratique, l’évaluation génomique repose sur une population d’animaux dont les performances sont bien connues, population aussi importante que possible, population de référence. On séquence alors leur ADN (on lit leur code-barres), ce qui permet d’établir des relations entre ces marqueurs et les performances, et donc prédire ensuite la valeur génomique d’un individu par la seule lecture de son génome.

Chez le porc, ce sont près de 60 000 marqueurs qui ont ainsi été identifiés… et les schémas génétiques travaillant avec l’Ifip au sein de Bioporc ont entamé une sélection génomique sur la population Landrace.

Entre 25 % et 50 % de progrès attendus sur la précision des index

Celle-ci est opérationnelle en routine depuis six mois. Ce qui a permis à Alban Bouquet d’en présenter les premiers résultats. Sur la base d’une population de référence de 1 700 reproducteurs, et avec 2 500 génotypages réalisés en 2016, le gain de précision des index permis par l’apport de la génomique a été de 25 à 50 % par rapport à une sélection purement phénotypique. Des résultats en accord avec les simulations faites auparavant par l’Inra qui annonçait en moyenne 30 % de progrès génétique grâce à la génomique. Le généticien conclut que l’optimum serait de pouvoir génotyper 10 % des meilleurs candidats issus des contrôles en ferme. Il annonce que la technique sera particulièrement intéressante pour gagner en précision sur les critères de reproduction, sans doute moins sur les critères de production. Il prévoit une réelle inflexion de la courbe de productivité dans les mois qui viennent, en relation avec ces nouvelles méthodes. Enfin, le coût du séquençage, jusqu’alors très élevé pour l’espèce porcine, devrait diminuer avec l’arrivée de nouvelles puces à ADN moins chères, en cours de développement par l’Inra et l’Ifip.

La prochaine étape annoncée est de « s’attaquer » à la lignée LargeWhite.

- © Infographie Réussir

Voir aussi article CRISPR Cas9, une technique révolutionnaire pour modifier le génome.

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